De nouveaux virus hébergés par la flore de l’archipel français des Kerguelen

Les chercheurs de l’unité de recherche Biologie du Fruit et Pathologie du centre INRA Bordeaux-Aquitaine, ont détecté la présence de quatre virus exogènes dans des plantes de l’archipel des Kerguelen. Parmi les virus identifiés, deux sont nouveaux ! Cette découverte a fait l’objet d’une publication dans la revue scientifique Plos One du 18 juin 2013.

Les chercheurs de l’unité de recherche Biologie du Fruit et Pathologie du centre INRA Bordeaux-Aquitaine, ont détecté la présence de quatre virus exogènesd ans des plantes de l’archipel des Kerguelen. © Laurence Svanella-Dumas
Mis à jour le 21/05/2014
Publié le 16/05/2014

C’est au cours d’une mission de 4 mois, menée il y a 4 ans sur l’archipel, que les échantillons de plantes ont pu être collectés. L’objectif était de réaliser, pour la première fois, un inventaire le plus exhaustif possible des virus de végétaux présents sur l’archipel. La mission s’inscrivait dans le cadre d’un projet axé sur la sensibilité des communautés endémiques des îles subantarctiques, face aux insectes invasifs, et au changement climatique. Ce projet a été financé par l’Agence Nationale de la Recherche (ANR), et la mission soutenue par le programme 136 ECOBIO de l’Institut polaire français Paul Emile Victor (IPEV).

Quatre virus transmis par des pucerons

Un des virus les plus répandus au monde, le Barley yellow dwarf virus (BYDV), a été détecté sur des graminées, notamment sur une espèce native le Pâturin de Cook : Poa cookii. Connu pour être responsable de la jaunisse du blé, ce virus est transmis par le puceron Rhopalosiphum padi, dont l’aire de répartition sur les îles concorde avec celle du virus. Les deux nouvelles espèces virales font partie de la famille du BYDV, et sont présentes sur les mêmes espèces de graminées. Cependant, leur origine reste aujourd’hui inconnue. Chacun de ces trois virus infecte aussi bien les plantes natives des îles, que les plantes introduites.

Dernier virus identifié, le Cucumber mosaic virus (CMV) possède un caractère peut-être plus préoccupant  pour les plantes de l’archipel car il se développe sur de nombreuses plantes. Il est de plus, transmis par Myzus ascalonicus, l’espèce de puceron la plus répandue sur l’archipel. Pour l’instant, il a uniquement été identifié sur des espèces de plantes introduites.

La dissémination des virus au cours du temps, bien que variable selon les virus, est considérée comme une possibilité importante par les scientifiques. Cela peut justifier un suivi sur le long terme des populations virales des îles Kerguelen.

Identifier et décrire les envahisseurs

Afin de réaliser l’inventaire à grande échelle, et de caractériser les virus présents sur l’archipel, les chercheurs ont utilisé une technique appelée métagénomique. Elle consiste à analyser le contenu génétique d’échantillons récoltés à partir d’un milieu naturel donné. L’avantage de cette méthode est de pouvoir caractériser des génomes de manière simultanée, sans avoir à rechercher les gènes de façon individuelle.

Par la suite, les chercheurs se sont penchés sur la diversité génique des virus. Possédant peu de données sur le CMV et les nouveaux virus, les recherches se sont concentrées sur le BYDV. Sa diversité génique étant faible, le BYDV est assurément un virus d’introduction récente, et concomitante  avec celle de son vecteur. Pour les trois autres virus, la possibilité qu’ils aient été introduits via leurs pucerons-vecteurs est pour l’instant une hypothèse. Elle reste cependant l’explication la plus plausible de leur présence sur l’archipel.

Un environnement vulnérable

Les îles Kerguelen sont le deuxième archipel le plus isolé au monde ! Ces îles subantarctiques possèdent un climat froid et rude, de sorte que les espèces endémiques y sont peu diversifiées. Elles sont d’ailleurs inférieures en nombre face aux espèces introduites. Ces îles constituent ainsi un environnement vulnérable à la moindre perturbation, qu’elle soit liée au changement climatique ou à l’introduction d’espèces.

L’archipel des Kerguelen représente ainsi un « trésor » pour les chercheurs, qui étudient depuis plus de 35 ans leur faune et leur flore si spécifique. De manière générale, les scientifiques possèdent peu de données concernant les virus au sein de ce type d’écosystème. En obtenir davantage leur permettrait de mieux comprendre leur distribution, leur capacité de propagation, et leur impact sur un environnement fragile hébergeant des espèces endémiques.