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Samuel Mondy, le bioinformaticien qui étudie les sols

Bioinformaticien spécialisé dans les analyses de données métagénomiques, Samuel Mondy est responsable de la plateforme GenoSol, un outil collectif de recherche axé sur la biologie des sols. Cette structure unique permet à l’ingénieur de recherche de décrire les structures de communautés microbiennes des sols et de stocker efficacement et durablement les échantillons de sols prélevés.

Samuel Mondy, responsable de la plateforme GenoSol.. © Inra
Par Arnaud RIDEL
Mis à jour le 23/01/2018
Publié le 22/01/2018

Une double compétence en génomique et bioinformatique

Issu d’une formation universitaire, Samuel Mondy obtient son doctorat en physiologie cellulaire et moléculaire des plantes en 2004. Son doctorat a pour sujet l'utilisation de la mutagénèse par l'ADN-T chez la légumineuse modèle Medicago truncatula. Il débute sa carrière professionnelle au CEA où il travaille sur la caractérisation de la réponse de l'espèce modèle Arabidopsis thaliana lors de stress oxydatif biotique et abiotique. Il intègre plus tard le CNRS dans des projets visant à déterminer les impacts des plantes génétiquement modifiées sur la communauté microbienne de la rhizosphère. Il se spécialise également en bioinformatique, en particulier dans le domaine de la métagénomique. Il travaille ensuite au Genoscope (CEA) dans le cadre du projet TARA Océans sur la caractérisation d'eucaryotes unicellulaires marins par une approche Single Cell combinée à l'utilisation de jeux de données métagénomiques. 

Au cours de son parcours professionnel, il étudie principalement les interactions entre les organismes hôtes et les microorganismes associés dans leur environnement. En effet, l'étude des capacités adaptives lors d'interactions biotiques (symbiose dans le cadre de l'interaction légumineuses-rhizobiacées, bénéfiques ou pathogènes) chez les deux partenaires intéresse particulièrement Samuel Mondy. Il travaille d’abord sur le partenaire végétal puis sur le partenaire microbien, que ce soit dans le cadre d'interaction entre deux hôtes ou de la communauté microbienne par des approches de métagénomique. Ces travaux lui ont permis d’acquérir une double compétence en génomique et bioinformatique. Samuel Mondy est membre de la Société Française de Bioinformatique.

Selon Samuel Mondy, les principales qualités pour travailler en tant qu'ingénieur de recherche sont la curiosité et l'envie de découvrir et développer de nouvelles méthodes d'analyse. En particulier, dans le domaine de la bioinformatique, il y a de nombreux défis à relever que ce soit au niveau méthodologique ou dans la capacité d'exploiter des jeux de données existants.

GenoSol, un outil pour étudier et conserver les sols

Samuel Mondy travaille au sein de l’Unité Mixte de Recherche Agroécologie du centre Inra Bourgogne-Franche-Comté à Dijon depuis novembre 2015. L’ingénieur de recherche est bioinformaticien spécialisé dans les analyses de données métagénomiques mais aussi responsable de la plateforme GenoSol.

La plateforme GenoSol de l’UMR Agroécologie est un outil unique en Europe, centrée sur la biologie des sols. C’est une structure logistique et technique assurant l’acquisition, la conservation, la caractérisation et la mise à disposition de la communauté scientifique des ressources génétiques microbiennes (ADN) des sols issues d’échantillonnages de grande envergure.

Le Conservatoire de Ressources Génétiques (CRG) de GenoSol stocke des échantillons de sols provenant de réseaux de surveillance et d'observations des sols, de sites expérimentaux pérennes (INRA, CNRS, IRD, Institut technique agricole…) et de réseaux d’exploitations agricoles. A ce jour le CRG conserve plus de 12 000 sols. Le projet du Réseau de Mesure de la Qualité des Sols (RMQS) a, pour sa part, échantillonné la totalité du territoire français ainsi que les DOM de 2000 à 2009 via un maillage de carrés de 16 kms de côté, ce qui représente 2 200 sols conservés au sein de la plateforme. La plateforme participe à la deuxième phase du RMQS (de 2016 à 2027) avec la mise en conservation des sols.

La plateforme a développé une expertise reconnue dans l'extraction de l'ADN des sols avec la standardisation des protocoles. L'utilisation des données issues des nouvelles techniques de séquençage a nécessité de développer l'analyse bioinformatique des données métagénomiques, permettant de décrire les structures de communautés microbiennes des sols, avec la constitution d'un référentiel des sols.

Le stockage des sols selon les conditions définies par la plateforme permet une conservation optimale de l'ADN et donc de l'information contenue dans celui-ci. Dans le contexte de l'anthropisation de l'environnement, en particulier du réchauffement climatique, il sera intéressant et vital de voir l'évolution des communautés microbiennes en réponse à ces changements environnementaux, et plus globalement le maintien des services écosystémiques dans un environnement en évolution.

Contact(s)
Contact(s) scientifique(s) :

La Plateforme Genosol

Un support technique et logistique au service de la recherche

La plateforme GenoSol de l’UMR Agroécologie de l’INRA de Dijon est une structure unique en Europe, centrée sur la (micro)biologie des sols. Ses missions s’articulent autour de trois activités principales : un Conservatoire des Ressources Génétiques Microbiennes, une Plateforme Technique de caractérisation moléculaire du métagénome microbien, un Système d’Information sur la diversité microbienne des sols et de l’environnement. Depuis 2015, la Plateforme GenoSol est certifiée ISO 9001 pour le Conservatoire des Ressources Génétiques Microbiennes.

https://www2.dijon.inra.fr/plateforme_genosol/