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Recherches sur Xylella fastidiosa : la lutte active des experts

La lutte contre X. fastidiosa se concentre actuellement sur des mesures d’éradication en l’absence d’autres méthodes plus efficaces. Cette bactérie qui s’attaque à une grande variété de végétaux fait l’objet de nombreuses recherches dans son aire d’origine, les Amériques. Depuis 2013, l’Inra apporte son expertise en santé des plantes pour développer les connaissances scientifiques, les outils nécessaires et un dispositif de réaction rapide pour lutter contre X. fastidiosa.

Polygale à feuille de myrte, Polygala myrtifolia. Real Jardín Botánico, Madrid. C'est sur ce même arbuste d'ornement qu'a été identifiée la bactérie Xylella fastidiosa en 2015 en Corse.. © Wikimedia commons, BARRA A.
Mis à jour le 31/03/2016
Publié le 20/08/2015

On estime l’introduction de Xylella fastidiosa en Europe assez récente, au plus une dizaine d’années, puisque c’est en 2013 que la bactérie a été découverte, sur des oliviers dans le sud de l’Italie (région des Pouilles). Ces arbres étaient déjà malades, atteints du syndrome de déclin rapide de l’olivier (CoDIRO en Italien) dont les premiers symptômes sont apparus en 2008. La bactérie est-elle la seule cause ayant conduit à ce syndrome ? La question reste encore posée. En l’absence de méthode de lutte chimique efficace et autorisée, en Italie comme partout ailleurs, les mesures prises pour lutter contre les bactéries phytopathogènes, comme Xylella fastidiosa, se résument à des mesures d’éradication des plantes contaminées, de surveillance et de prophylaxie (quarantaine). L’utilisation de traitements antibactériens tels que les antibiotiques est interdite pour lutter contre les maladies des plantes en France à cause des risques d’apparition de résistances et des conséquences de leur éventuelle dispersion dans l’environnement. X. fastidiosa étant transmise par insectes, une partie importante de la lutte concerne également les insectes vecteurs pour éviter qu’ils ne disséminent la bactérie et donc à terme la maladie.

L’expertise de l’Inra en santé des plantes au cœur de la lutte

Première bactérie phyto-pathogène à avoir été séquencée

À l’Inra, les recherches sur Xylella ont re-démarré en 2013 dans le cadre de travaux préliminaires à la mise en place du plan de surveillance du ministère de l’Agriculture. « Dans les années 1990, une collaboration très efficace entre l’Inra de Bordeaux et un large consortium brésilien autour de l’Institut de Biologie de São Paulo a donné lieu au séquençage de Xylella, première bactérie phytopathogène à avoir été séquencée », rappelle toutefois Marie-Agnès Jacques de l’Inra d’Angers. Plus récemment, l’Inra a caractérisé, en collaboration avec l’Anses, des souches de X. fastidiosa isolées de plants de caféiers et rassemblé une collection de souches de Xylella. « Nous avons besoin d’élargir nos connaissances scientifiques sur la bactérie, sa diversité génétique, les spectres d’hôtes des différentes souches isolées en Europe, analyser les génomes des souches pour mieux comprendre comment la bactérie interagit avec ses hôtes, insectes vecteurs ou plantes, etc. ».

        

Mobiliser métaprogrammes, séquençage voire sciences participatives

Connaître les productions agricoles possiblement sensibles

L’importance de connaître les productions agricoles françaises qui seraient potentiellement sensibles à Xylella est primordiale. Les recherches de l’Inra au sein du département « Santé des plantes et environnement » font appel aux experts de nombreuses disciplines : épidémiologie, phytopathologie, bactériologie, virologie, entomologie, génomique moléculaire, génétique des populations etc. « La recherche doit aller au-delà des méthodes de détection et de prophylaxie qui sont indispensables pour la stratégie d’éradication » estime Jean-Yves Rasplus, entomologiste à l’Inra de Montpellier. « Afin de rapidement proposer des méthodes de lutte efficace, nous avons besoin, d’acquérir des connaissances sur la maladie elle-même, de découvrir l’ensemble des vecteurs potentiels et de mieux comprendre l’épidémiologie de Xylella dans son nouveau milieu. Nous devons réfléchir à un dispositif qui englobera l’ensemble des questionnements, en les hiérarchisant. Ces recherches s’étendront au delà de notre département en faisant appel aux métaprogrammes de l’Inra qui facilitent les questionnements transversaux par exemple sur les facteurs de virulence des bactéries, les résistances de certaines plantes, les interactions écologiques entre milieux semi-naturels et milieux cultivés. Pour répondre à ces questions, nous devons rapidement trouver les financements et mettre en place un projet de recherche pluridisciplinaire de qualité, se basant sur les savoirs acquis aux États-Unis. Nous allons aussi tirer profit des nouvelles technologies de séquençage, d’acquisition et de traitement de larges jeux de données, voire de science participative et ainsi mieux appréhender cette maladie extrêmement difficile à gérer.»

Projet européen - Horizon 2020

POnTE, contre les microorganismes qui menacent l'Europe

Le projet POnTE, pour Pest Organisms Threatening Europe, est financé dans le programme H2020 'SFS-03a-2014 : Native and alien pests in agriculture and forestry’. Il vise à proposer des stratégies de contrôle intégré et durable de quatre agents pathogènes qui menacent un panel de cultures et d’environnements naturels en Europe, parmi lesquels Xylella fastidiosa.

Concernant la bactérie Xylella fastidiosa, les partenaires de ce projet cherchent à :

  • préciser le rôle de cette bactérie et d’autres agents (champignons et insectes) dans l’étiologie du syndrome du déclin rapide de l’olivier,
  • améliorer les connaissances sur les souches présentes en Italie et en France et leurs insectes vecteurs en termes de diversité, et pour la bactérie de mécanismes évolutifs et en particulier d’aptitude à la recombinaison,
  • développer de nouveaux outils et procédures pour l’épidémiosurveillance
  • tester différentes solutions de contrôle visant les insectes, l’environnement des parcelles et la survie bactérienne.

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