Comprendre le fonctionnement des communautés microbiennes associées aux semences

Matthieu Barret est un jeune chercheur recruté par concours en 2012 au Département Santé des Plantes et Environnement sur un poste de chargé de recherche. Il travaille actuellement à l’Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS, UMR 1345, Centre INRA Angers-Nantes) dans l’équipe EmerSys (Emergence, Systématique et écologie des bactéries phytopathogènes). Son projet de recherche s'intitule "Exploration fonctionnelle des communautés microbiennes associées aux semences".

Parcelle de blé tendre d'hiver, variété Koreli. Brouessy. © WEBER Jean
Mis à jour le 21/02/2014
Publié le 20/02/2014

Pourquoi avez-vous choisi cette voie ? Et quelles sont, selon vous, les principales qualités pour devenir chercheur ?

Après l’obtention de mon baccalauréat, j’ai décidé de m’orienter vers une formation axée vers l’enseignement des Sciences de la Vie et de la Terre. Lors de ma Licence, j’ai découvert « le monde microbien » à travers des modules d’initiation à la Microbiologie. Après avoir effectué plusieurs stages de recherche, j’ai décidé de continuer à étudier ces micro-organismes dans différents biotopes. Ces différentes expériences professionnelles m’ont permis d’être recruté en tant que chargé de recherche à l’INRA. Je pense que l’esprit critique et la patience sont les deux principales qualités nécessaires à la pratique d’une activité scientifique.

Pouvez-vous nous dire quelques mots sur votre projet de recherche "Exploration fonctionnelle des communautés microbiennes associées aux semences" ?

L’enjeu de mon projet de recherche vise à comprendre le fonctionnement des communautés microbiennes associées aux semences pour assurer, à terme, une gestion optimale et une meilleure performance des cultures. Atteindre cet objectif passe par la compréhension de la structure de ces communautés microbiennes associées aux semences et l’étude de leur fonctionnement. Les nouveaux développements technologiques comme la métagénomique, permettent aujourd’hui des études écologiques exhaustives des communautés microbiennes. C’est ce type d’approche que je souhaite mettre en œuvre au cours de mon projet de recherche pour étudier les communautés microbiennes associées aux semences.

Quel est l'intérêt d'un tel projet ?

Les semences sont vectrices d’agents pathogènes très variés et d’une microflore dont le rôle est généralement méconnu et sans doute sous-estimé et sous-exploité. Pour améliorer la qualité sanitaire des semences et l’installation des cultures, de nouveaux traitements doivent être proposés dans le contexte actuel de réduction de l’utilisation des produits phytosanitaires (Ecophyto 2018). L’une de ces méthodes alternatives consisterait à utiliser des microorganismes en enrobage de semences. Cette lutte biologique se heurte cependant à des variations d’efficacité pouvant être en partie expliquées par l’activité des communautés microbiennes indigènes des semences. Il en est de même pour le priming, opération effectuée pour garantir une germination homogène des lots. Ainsi il est nécessaire de comprendre les liens fonctionnels qu’établissent les membres de ces communautés entre eux et avec la plante pour améliorer la santé des cultures dont elles sont issues.

Quels sont vos impressions sur les premiers mois passés dans votre laboratoire ?

Depuis mon arrivée, j’ai été soutenu activement par l’ensemble des membres de l’équipe d’accueil et plus globalement par le personnel de l’IRHS. Je travaille en collaboration étroite avec deux techniciennes de recherche et un assistant de recherche. Ces agents sont un soutien précieux pour la réalisation de notre projet de recherche. Par ailleurs, l’équipe EmerSys a mis à ma disposition des moyens financiers qui ont permis d’engager les premiers travaux de recherche. Enfin j’ai également obtenu le soutien financier de la Région des Pays de la Loire pour trois années.

Que voulez-vous faire dans les prochaines années ?

Après avoir caractérisé en partie la composition des communautés microbiennes associée aux semences, je souhaiterai reconstruire des communautés microbiennes artificielles simplifiées en utilisant des souches représentatives des populations microbiennes majoritairement associées aux semences. Ces communautés artificielles devraient faciliter l’étude des mécanismes moléculaires impliqués dans les interactions entre micro-organismes et des fonctions nécessaires à la colonisation et la survie au sein des semences.

Mini-CV


Matthieu Barret a effectué son doctorat au sein de l’ex-unité BiO3P (nouvellement IGEPP) du centre INRA de Rennes. Au cours de sa thèse, il s'est principalement intéressé aux mécanismes moléculaires participant à la formation et au fonctionnement des communautés mixtes bactéries-champignons au sein de la rhizosphère.

Puis il a effectué un séjour post-doctoral au BIOMERIT Research Centre (University College Cork, Irlande) de 3 ans ou il a étudié la contribution potentielle des systèmes de sécrétions bactériens dans la colonisation de la rhizosphère par des bactéries du sol apparentées au genre Pseudomonas.

Ses études :

  • DEUG Biologie SV Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand
  • Licence Biologie Cellulaire et Physiologie Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand
  • Maîtrise Biologie Cellulaire et Physiologie Université de Rennes 1
  • Master 2 Recherche Microbiologie Université de Rennes 1